Aパート アンド・ユー・ウィル・ノウ・ヒム・バイ・ザ・トレイル・オブ・ニンジャ
ダークニンジャとの死闘を生き延びたニンジャスレイヤーは、ナンシー・リーを檻から救い出し、
オーガニック・トロ・スシを食べて息を吹き返した。決戦の時だ。
ラオモトの居る天守閣へと向かったニンジャスレイヤーを待つのは、ソウカイ・シックスゲイツとの過酷な6連戦！
デビルフィッシュ、レイザーエッジ、ウォーターボード、アルマジロなど、
油断ならない強敵をカラテで次々撃破し、上階へと向かうニンジャスレイヤー。
5人目の相手は、ドラゴン・ドージョー戦の因縁も深いヘルカイト！
フロア全体を巨大カイト戦闘用に改造し、恐るべきフーリンカザンを駆使するこの強敵を前に、
ニンジャスレイヤーはいかなるカラテで対抗するのか！？
Bパート ダークダスク・ダーカードーン part1
長い戦いの末、ついにラオモトの待つ天守閣へとたどり着いたニンジャスレイヤー。
「ドーモ、ニンジャスレイヤー=サン。ネズミ一匹の分際で、よくぞここまでワシの庭を荒らしてくれたものよな」
「ネズミは二度噛めばライオンをも倒す。すなわちアナフィラキシー・ショックなり」
最後の護衛である4人のオイランと隠れニンジャのスパイダーをも排除してみせたニンジャスレイヤー。
だがラオモトは少しも取り乱すことなく、立ち上がり、こう言い放った。
「ワシは七つのニンジャソウルをこの身に宿す。ゆえにワシはこの世で最も強い。ワシに勝てるものはいない……！」
ナムアミダブツ！七つのニンジャソウルとは……何たる怪物か！
ついにソウカイヤとの決戦の火蓋が切られる！！
