Aパート ライク・ア・ブラッドアロー・ストレイト
力尽き倒れ、アガタの部屋で目を覚ましたフジキドは、
TVに流れるニュースでラオモト・カンの知事選電撃立候補を知る。
今夜のうちに決着をつけねば、
ソウカイ・シンジケートが持つマネーとニンジャの力でラオモトはネオサイタマ知事となり、
暗黒と暴力の時代が幕を開けるだろう……! 最早一刻の猶予もなし。
ラオモト・カンを暗殺すべく、そして戦友ナンシー・リーを救い出すべく、
放たれた鮮血の矢の如く、ニンジャスレイヤーは敵の本拠地トコロザワ・ピラーへと突き進む!
待ち受けるヤクザ! ニンジャ! オムラ社のモーター兵器! カラテが爆発する!
Bパート ダークニンジャ・リターンズ」
ニンジャスレイヤーは数々のトラップを超え、破竹の勢いでトコロザワ・ピラー内を突き進む。
フォレスト・サワタリとの一時的共闘により、
悪夢のごときニンジャロボ兵器「モータードクロ」部隊をも蹴散らしたニンジャスレイヤー。
だが彼らの前にソウカイヤ最強の刺客ダークニンジャ……フジオ・カタクラが立ちはだかる。
この男こそは、フジキド・ケンジの妻子を、そして師匠ドラゴン・ゲンドーソーをも殺めた宿敵!
ニンジャスレイヤーの怒りのカラテが燃え上がる!
果たしてナンシー・リーは無事なのか!?
ダークニンジャとの決着の行方は!?