Aパート スワン・ソング・サング・バイ・ア・フェイデッド・クロウ part1
重金属酸性雨が降りしきる灰色の電脳メガロシティ、ネオサイタマ。
そこに生きるフリーランスのニンジャ、シルバーカラス。本名カギ・タナカ。
彼は「サイバーツジギリ」と呼ばれる闇ビジネスを生業としていた。
己の身体が病魔に冒され、余命幾許も無いことを知ったカギは、ある日コインランドリーでひとりの少女と出会う。
彼女の名はヤモト・コキ。他愛も無い会話。別れる二人。
そこへソウカイヤの賞金首となった彼女を追跡し、ソウカイヤの刺客「ナッツクラッカー」が迫る。ナムサン！
「ソウカイヤ関係のニンジャか……面倒は嫌なんだよ」
カギ・タナカはカタナを抜き、ヤモトを救うべくコインランドリーに引き返した。
Bパート スワン・ソング・サング・バイ・ア・フェイデッド・クロウ part2
シルバーカラスことカギ・タナカは、偶然助けた女子高生ニンジャ、ヤモト・コキにカラテを教え始める。
だが彼の元に新たに届けられたミッションは、今まさに己の家にかくまっている賞金首の女ニンジャ、
すなわちヤモトの発見と抹殺であった。
それを知りながらもヤモトをドージョーで鍛え続け、イアイドーを授けるカギ。
そして、穏やかな時間は無情にも過ぎ行く。
ついにヤモトの痕跡を追い、ソウカイヤからふたりの手練、
「ソードダンサー」と「サードアイ」が送りこまれたのだ。
ナムアミダブツ！ ヤモト・コキの運命は！？ 消え行くカラスが最後に歌う歌とは！？
カギ・タナカはヤモトに何を伝え、何を残そうとしたのか！？
