Aパート スシ・ナイト・アット・ザ・バリケード
オムラ社が開発した新型ロボニンジャ「モーターヤブ」の攻撃により、
トットリー・ヴィルのダム建設反対レジスタンスは壊滅寸前へと追いつめられていた。
反企業レジスタンスを支援する革命的闘争組織イッキ・ウチコワシのエージェント
「ラプチャー」と「アムジニア」が彼らのために戦うも、
オムラ社は爆発物の取り扱いに長けるニンジャ「エクスプロシブ」をも派遣していた！
飛び交う銃弾！ カラテ！ バクチク爆発！ 窮地に陥るレジスタンス！ そこに突如現れたニンジャスレイヤー！
彼はアムニジアを助け、彼女を「ユカノ」と呼んだ。
そう、彼女こそは行方不明になり記憶喪失に陥ったドラゴン・ユカノその人だったのだ！
Bパート アット・ザ・トリーズナーズヴィル
進歩的革命組織「イッキ・ウチコワシ」の戦闘エージェントとなっていたアムニジアことユカノ。
彼らの本質を見極めるため、ニンジャスレイヤーは自らイッキ・ウチコワシの一員となる。
戦闘エージェントの「フリックショット」とともに、
ソウカイヤの息がかかった二両編成輸送新幹線「ギャラクシー号」襲撃に向かうニンジャスレイヤー。
そこに現れたのはソウカイニンジャの「プロミネンス」！
戦いの末にプロミネンスを追い詰めたニンジャスレイヤーたちだったが、
彼の耳に飛び込んできたのは、乗客のブルジョワ幼稚園児たちの悲鳴であった。
無力な園児を守ろうとする職員すらも容赦なく粛清せんとするフリックショット。
殺せ！ ニンジャスレイヤー！ 殺せ！
いまやイッキ・ウチコワシの暴力的ニンジャ本質は白日のもとにさらされた！
