Aパート ラスト・ガール・スタンディング Part.1
キョート共和国から転校してきた女子高生、ヤモト・コキ。
一見すると平凡な女子高生だが、彼女にはアーチ級ニンジャソウル「シ・ニンジャ」の力が宿っていた。
彼女はいかにしてその力を得たのか?
そのカギを握るのはアフロヘアーの男子転校生、ショーゴー・マグチにあった。
謎めいたジツによりヤンクを始末するショーゴー……彼もまたニンジャソウル憑依者だったのだ!
Bパート ラスト・ガール・スタンディング Part.2
ニンジャソウルの力を隠しながら、普通の女子高生として平穏に生きようとするヤモト。
だが親友のアサリとともにカラオケにやってきた彼女のもとに、
ソウカイ・シンジケートの手先となったショーゴーことスーサイド、
そして兄貴分のソニックブームが現れた!
シ・ニンジャの力を解放し、オリガミ・ミサイルで抵抗するヤモト!
ソニックブームの情け容赦ないソニック・カラテが、彼女を襲う!