Aパート トレジャー・エヴリー・ミーティング
ソウカイヤから追っ手を差し向けられ逃亡の日々を送るヤモト・コキは、
流れ着いた教会の中で「ジェノサイド」と名乗る恐ろしいニンジャに出会う。
聞くと、彼はここに来るまでの記憶がほとんどないという。
実は彼は、ラオモトの下で働くマッドサイエンティスト「リー先生」に作られたゾンビーニンジャであり、
自我に目覚め、リー先生のラボから逃亡したのだった。
教会で束の間の休息を取るヤモトとジェノサイドのもとへ、
リー先生の助手フブキ・ナハタが作った最新バイオニンジャ「マンティコア」が、
さらにヤモトを追うソウカイヤの刺客「グレネディア」、ふたりの刺客が送りこまれた！
ナムアミダブツ！ 共闘を決めたヤモトとジェノサイドの運命やいかに！？
Bパート エヴァー・フェルト・チーティド
平凡な大学生のナラキは、あこがれの女性であるマナメと親密な関係になるため、
マルノウチにおけるデモ行進に参加することとなった。
一方、イッキ・ウチコワシの暴力的ニンジャ本質を見抜いたニンジャスレイヤーは、
その戦闘エージェントとして洗脳されたユカノ、すなわちアムニジアに対して最後の説得を試みるべく、
やはりマルノウチのデモ行進の現場を目指していた。
なぜなら、武力闘争組織イッキ・ウチコワシが、今回の市民デモを利用しに現れるであろうことは、自明であったからだ。
かくしてデモ当日……ナラキは市民デモ参加者の首を貫く矢と、
それをきっかけに暴力と闘争が爆発寸前となる瞬間を目の当たりにする……
イッキ・ウチコワシ、アムニジアの矢を！
